Британские ученые выявили 37 паттернов мутаций в 4775 раковых опухолях и разработала алгоритм PRRDetect, который определяет рак с дефектами в восстановлении ДНК. Такие опухоли легче поддаются лечению иммунотерапией. В будущем с помощью алгоритма врачи смогут заранее понимать, насколько уязвим рак, и выбирать индивидуальную терапию для каждого пациента. Исследование опубликовано в журнале Nature Genetics.Один из способов понять, можно ли вылечить рак — посмотреть, насколько «уязвима» опухоль, то есть умеет ли она восстанавливать свою ДНК. Если нет, то рак имеет дефектный механизм репарации (PRRd) и более чувствителен к иммунотерапии. Пока такую уязвимость определить сложно — она кроется в цепочках ДНК.Британские ученые разработали способ быстрого нахождения дефектов опухоли. Чтобы это сделать, команда проанализировала полные последовательности ДНК 4775 опухолей семи видов рака, имеющих наиболее высокую долю PRRd — рака кишечника, головного мозга, эндометрия, кожи, легких, мочевого пузыря и желудка.В геномах исследователи обнаружили 37 паттернов InDels (insertions and deletions) — мутаций, при которых в генетические последовательности добавляются или удаляются дополнительные нуклеотиды, выстраивающие ДНК. 10 из них уже были известны — например, связанные с курением или ультрафиолетом. Еще 8 указали на признаки PRRd, а остальные 19 оказались новыми — вероятно, они связаны с не до конца изученными причинами рака или внутриклеточными механизмами.На основе новые данных ученые разработали алгоритм PRRDetect. Он сканирует полную последовательность ДНК и находит следы уязвимости — паттерны мутаций. С помощью этого алгоритма врачи смогут заранее понимать, насколько опухоль поддается лечению, и выбирать индивидуальную терапию для каждого пациента.«Секвенирование генома сейчас намного быстрее и дешевле, чем когда-либо прежде. Мы приближаемся к тому моменту, когда определение последовательности вашей опухоли станет такой же рутинной процедурой, как сканирование или анализ крови. Раковые заболевания с нарушением репарации ДНК, скорее всего, будут успешно лечиться. PRRDetect помогает нам лучше выявлять эти виды рака, и, поскольку мы регулярно выявляем все больше и больше видов рака в клинике, это может в конечном итоге помочь врачам лучше адаптировать методы лечения к конкретным пациентам», — рассказала Серена Ник-Зайнал, ведущий автор исследования из Кембриджского университета, Великобритания.
