Специалисты Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова разработали программу, помогающую выявлять ошибки при чтении ДНК для повышения точности научных исследований. Об этом сообщили ТАСС в пресс-службе университета.
Авторы создали инструмент, упрощающий проведение нанопорового секвенирования - метода анализа нуклеиновых кислот. Он позволяет считывать длинные цепочки ДНК и РНК, однако для этого исследователям приходится присоединять к исследуемым молекулам искусственные последовательности (адаптеры, баркоды и др.), чтобы система могла правильно распознавать образцы. Если эти элементы стоят не на своем месте, качество данных резко падает.
"Программа NanoporeInspect позволяет указывать нужные искусственные последовательности и видеть их распределение по прочитанным фрагментам. Если адаптеры или баркоды прикреплены с ошибками, неровно или встречаются слишком редко, это сразу заметно на интерактивных графиках", - уточнила соавтор работы, ведущий специалист лаборатории математического моделирования НИВЦ МГУ Мария Григорьева, чьи слова приводит пресс-служба вуза.
Разработка представляет собой интерактивный веб-сервис, в который можно загрузить файл с результатами секвенирования и указать используемые искусственные элементы. Система анализирует данные при помощи специальных алгоритмов и выстраивает графики распределения последовательностей.
"Особое значение инструмент имеет в области SELEX-экспериментов, где с помощью многократного отбора и усиления ищут молекулы-аптамеры с наилучшими свойствами связывания. В таких исследованиях точность критична: одна ошибка на стадии подготовки библиотеки может привести к потере уникальной последовательности. Новый инструмент позволяет буквально "увидеть" качество библиотеки еще до того, как начнется трудоемкий анализ биологического содержания данных", - уточнили ТАСС в вузе.
Работа выполнена в рамках Научно-образовательной школы МГУ "Мозг, когнитивные системы и искусственный интеллект".